Recherche génétique révolutionnaire : nouvelle méthode d’analyse des bactéries à Würzburg

Recherche génétique révolutionnaire : nouvelle méthode d’analyse des bactéries à Würzburg

Le 8 mai 2025, une équipe de recherche de l'Université Julius Maximilian de Würzburg, en collaboration avec l'Institut Helmholtz de recherche sur les infections à base d'ARN (HIRI), a présenté une méthode révolutionnaire pour analyser l'activité des gènes dans les colonies bactériennes. Cette innovation, connue sous le nom de MATQ-seq bactérien, représente une forme améliorée de transcriptomique unicellulaire axée sur l’approfondissement de la compréhension de la diversité au sein des populations bactériennes, notamment en ce qui concerne les agents pathogènes. La nouvelle méthode permet d'enregistrer les molécules d'ARNm de cellules bactériennes individuelles et d'identifier ainsi les gènes actifs, ce qui revêt une grande importance pour la recherche médicale. Fort uni-wuerzburg.de Le procédé présente un taux de rétention cellulaire remarquable de 95 %, ce qui le distingue des méthodes traditionnelles où des taux de perte allant jusqu'à 70 % sont courants.

L'étude souligne que la nouvelle technique peut être utilisée pour analyser entre 300 et 600 gènes par cellule bactérienne. L’ensemble du processus de création de ces transcriptomes monobactériens prend environ cinq jours et est particulièrement adapté aux petits échantillons comprenant des centaines de cellules. Cependant, pour des échantillons plus importants comprenant des centaines de milliers, voire des millions de cellules, des protocoles différents sont nécessaires, mais sont souvent sujets à des pertes plus élevées et à une couverture génétique plus faible.

Nouvelle plateforme de recherche à Würzburg

Dans le cadre de ce développement, le Center for Microbial Single-Cell RNA-seq (MICROSEQ) sera créé à Würzburg. Cette plateforme vise à rendre les technologies et l’expertise accessibles aux groupes de recherche du monde entier. MICROSEQ fait partie du Würzburg Single-Cell Center, qui propose également des analyses du transcriptome de cellules eucaryotes individuelles. Les progrès de l’analyse génétique représentent à la fois une avancée technologique et une réponse aux défis antérieurs du séquençage de l’ARN unicellulaire, qui sont souvent causés par la taille plus petite des cellules des bactéries par rapport aux eucaryotes, ainsi que par les difficultés de lyse cellulaire et de détection des transcrits bactériens.

L’importance de cette méthode n’est pas seulement scientifique, mais elle a également des implications pratiques pour la recherche médicale. Cela permet de mieux comprendre l’activité cellulaire dans des conditions normales, en cas de maladie et en réponse à des médicaments. Fort nature.com Les améliorations obtenues grâce à cette technologie sont également démontrées dans de nombreuses études montrant l’importance d’une couverture génétique élevée et de la détection de petits ARN régulateurs au niveau d’une seule cellule.

Validation et domaines d'application

La nouvelle technique MATQ-seq montre une validation réussie sur Salmonella dans différentes conditions de croissance et conduit à une robustesse accrue du protocole et à une réduction du taux d'échec dans la lecture des informations génétiques. Cela apporte des améliorations significatives dans la qualité des données importantes dans l’étude des phénotypes bactériens. De telles hétérogénéités phénotypiques sont cruciales pour comprendre comment les bactéries s’adaptent à différents environnements.

La publication originale des résultats était dans la revue mBio et a montré que la méthode était adaptée aux expériences avec un matériel de départ limité. Cela permet l'étude détaillée de petites sous-populations de cellules bactériennes dans des niches d'hôtes, ce qui pourrait également être important pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. helmholtz-hiri.de souligné.